I recipientkontrollen håller vi även koll på bottensedimenten eftersom dessa avslöjar mycket om miljön på platsen. Mängder med partiklar i form av mineralkorn och växtrester från omgivande landområden tillförs Östersjön varje år. Utöver detta produceras växtplankton och annat organiskt material på plats ute i havet. Partiklarna håller sig svävande under en tid men sjunker så småningom mot botten. Det ”regn” av partiklar som sakta sedimenterar ur vattenmassan fördelar sig inte jämnt över havsbottnarna. I grunda områden längs öppna kuster medför strömmar och vågor att de små partiklarna inte blir liggande på bottnen som därför kommer att bestå av grövre material som sand, grus eller sten, ibland bar klippbotten. Denna typ av botten kallas erosionsbotten och har en organisk halt som är mindre än 4 %.
På något större djup kan de finkorniga partiklarna bli kvar åtminstone en tid, men kraftiga stormar kan virvla upp dem ner till 70 meters djup. På dessa bottnar flyttas alltså partiklarna flera gånger från plats till plats och de kallas därför transportbottnar. Först när partiklarna förts ned till stora djup eller till områden som på annat sätt är skyddade mot kraftiga vattenrörelser kan de bli liggande. Dessa bottnar kallas ackumulationsbottnar och har en organisk halt på över 10 %. Det är på dessa platser som man snabbast ser effekter av förändrad föroreningsbelastning.
På varje provtagningsstation för bottenfauna tas även prov på bottensedimentet för att fastställa dess kornstorlek, vattenhalt och organiska halt, vilket kan vara till hjälp för att tolka djursamhällets sammansättning och förändring.
